М. Я. Пергамент родился 19 июня 1866 г. в Феодосии. Среднее образование получил в Ришельевской гимназии в Одессе, которую окончил в 1886 г. с золотой медалью.
В 1886 г. поступил на юридический факультет Императорского Новороссийского университета, который окончил в 1890 г. с дипломом первой степени, и был оставлен при Новороссийском университете для приготовления к профессорскому званию по кафедре римского права, с 1 февраля 1891 г. по август 1893 г.
С 1896 г. по 1903 г. М. Я. Пергамент служил в Новороссийском университете, читал лекции по римскому праву.
В 1899 г., в Санкт-Петербургском университете, он защитил магистерскую диссертацию “Договорная неустойка и интерес в римском и современном гражданском праве”.
В 1906 г. был назначен и. д. экстраординарного профессора кафедры гражданского права и гражданского судоустройства Санкт-Петербургского университета. Одновременно с этим он преподавал на Высших женских курсах, читал лекции по гражданскому и римскому праву.
Двадцать третьего октября 1907 г. ученый совет Высших женских курсов избрал его деканом юридического факультета. Эту должность он занимал до 1917 г.
В 1917 г. был назначен и. д. ординарного профессора Петроградского университета по кафедре гражданского права. В том же 1917 г. Указом Временного Правительства был назначен Сенатором IV Департамента Правительствующего Сената.
Скончался в 1932 г.
Источник: Служители Фемиды: страницы истории юридического образования и науки в Императорском Новороссийском – Одесском национальном университете имени И.И. Мечникова (1865-2015 гг.) /авт. кол.: И.С. Канзафарова, Б.С. Бачур, М.А. Подрезова [и др.]; рук. проекта, сост. И.С. Канзафарова; под ред. И.С. Канзафаровой. – Одесса: Астропринт, 2015. – С.92.